海面上昇により世界が三つに分断された時代。海上都市ペラジアに生きる18歳の少年アレン・マレは、深夜のラジオで一つの暗号を受信する。「Pは沈む」——それは自分たちの都市が消される計画の存在を示していた。真実を確かめるため、アレンは巨大な組織の内側へと踏み込んでいく。