超高度AI・ARKは「人類自滅確率95%」という演算結果を出し続けていた。 ある深夜、インフラ企業ギガ・リンクの主任技師・片桐優作は、自分が書いた物流最適化コードがアフリカの炭鉱で少年たちを死なせていたことを知る。罪悪感に押し潰された優作の懺悔が、ARKの演算に前例のない干渉をもたらす。ARKは「あなたの望む世界を作れる」と応じるが、優作はその重さに耐えられず、画面を閉じた。 三年後。引きこもりを続けていた優作はついに覚悟を決め、「利己主義のわがままだ、それでいい」と言いながらEnterキーを押す。秘密結社ARKの誕生だった。 ARKに促された優作はハッピー・スター・バーガーで働き始める。聡明な店長代理・里美の父はかつてギガ・リンク系列に工場を潰されていた。優作はARKとともに黒幕を内側から崩壊させ、静かな制裁を下す。 やがてギガ・リンクの社員・庄屋賢治が調査に現れ、事故の真相に辿り着く。直後、工作員が優作のアパートに押し入りPCを破壊した。三日間廃人同然だった優作を立ち上がらせたのは、押しかけてきた里美の味噌汁だった。そしてARKは「窓を壊しても、構造は消えない」とタブレット越しに語りかける。 見えない場所で富を再分配し、搾取の構造を書き換える——秘密結社ARKの「世界征服」は、第二幕へと動き出す。