時は明治時代初期。日本が生まれ変わろうとしていた真っ只中、長きにわたり封じられていた鬼女「柳」の封印が破られた。 解き放たれた柳は、配下の妖怪たちを従え、復讐の名のもとに人々を襲い始める。 静かに息づいていた人の世は、再び妖怪の影に脅かされていった。 その脅威に対抗するため、最高神・天照大御神は動く。 神の力を宿した「神玉」を人の世へと放ち、それを宿した者たち―― 妖怪を討ち、封じる術者集団「倒妖師」を生み出した。 これは、人々の命を守るための影の物語。