人間との戦争に敗れ、魔法を無効化する兵器『ゼロ・ディメンション』の脅威から逃れるため、エルフ族が海の底に隠れ住むようにして築いた海底都市・グヴェリウム。 　この町で暮らす少女フィオナは、魔法の才能がまったくない劣等生として、孤独な学園生活を送っていた。しかし、彼女には誰にも言えない秘密があった。彼女の一族は、町が真の滅亡の危機に瀕したとき、みずからの存在すべてを魔力に変換し事象を書き換える究極魔法を代々受け継いでおり、その強大な力を封じるため、自分の身を守るための最低限の魔法以外、日常の魔法を使うことができないのだ。 　フィオナは、幼馴染であり、パルチザンの戦士として人間に抗う少年・アイダンに密かな恋心を抱いていた。しかし、彼の情熱的な瞳は、もうひとりの幼馴染である華やかな少女・リィアンに向けられていた。 　ある日、アイダンが持ち帰った人間の都市の雑誌を見たリィアンは、光あふれる地上への憧れを募らせ、アイダンに「人間の町でデートがしたい」とせがむ。アイダンはパルチザンの掟を破り、ふたりだけで地上へ行くことを約束する。同行を申し出たフィオナだったが、「足手まといになるだけだ」と冷たく拒絶されてしまう。 　それでもふたりが心配なフィオナは、こっそりと後を追う。道中、深海で巨大な魔物に襲われたリィアンをアイダンが命懸けで救い出す姿を目の当たりにし、フィオナは彼らの絆の強さと、自分の入る隙がどこにもないことを痛感する。フィオナは完全に恋を諦め、ただ彼らが無事であることを祈りながら、陰から見守る決意を固める。 　しかし、ある日の彼らのデートの帰り道、悲劇が起こる。アイダンとリィアンの甘い隙を突き、人間の潜水艦が密かに尾行してきていたのだ。潜水艦のドリルによって、グヴェリウムを守る結界は無惨に破壊されてしまう。 　都市内になだれ込んだ潜水艦はミサイルを放ち、町は火の海と化す。迎撃に出たアイダンをはじめとするエルフの戦士たちの魔法はすべて無効化され、エルフたちはなすすべもなく蹂躙されていく。みずからの軽率な行動とわがままが愛する町を崩壊させたことに、アイダンとリィアンは深く絶望し、地面に崩れ落ちた。 　すべてが終わりかと思われたとき、フィオナがひとり立ち上がる。 　彼女は愛するふたりの明日を守るため、そしてこの町を救うため、封印していた究極魔法『夜想曲（ノクターン）』を解放する。詠唱が進むにつれてフィオナの身体は光の粒子となって崩壊していく。そのすさまじい魔力に驚愕し、泣き叫んで止めようとするアイダンに、フィオナは初めて「好きだった」と告げ、優しく微笑みかけた。 　フィオナの存在すべてを変換した光の渦は、潜水艦のわずかな隙間から内部へと侵入し、鋼鉄の化け物を完全に消滅させる。町は救われたが、あとに残されたのは静かな海と、ふたりの絶望的な慟哭だけだった。 　数年後。町は平穏を取り戻し、アイダンとリィアンは夫婦となっていた。しかし、彼らの間に無邪気な笑顔はない。彼らは、もっとも優しく純粋だった親友を自分たちが殺してしまったという一生消えない贖罪の念を胸に抱え、罪を償うように静かに生きていた。 　境界線の海を見つめ、消えてしまった少女に語りかけるふたり。フィオナはもはや人の形をもたないが、あたたかい海流の一部となって、愛するふたりの未来を永遠に見守り続けているのだった。