ホワイトボードの中に、宇宙があった。 高校二年生の数学研究部部長・十六夜まどかは、物理法則に潜む論理矛盾を証明した日、自作アプリ《LOGICA》越しに、世界の“本当の構造”を見てしまう。 それは、宇宙が巨大な形式体系として実装されているという事実だった。 その瞬間から、日常は少しずつ壊れ始める。 階段の段数が二重になり、街に別の歴史の残像が滲み、人の名前や記憶が静かに削られていく。 しかも、この宇宙は理解されるほど縮んでしまう。 まどかが世界を知ろうとすること自体が、世界の崩壊を早めていたのだ。 それでも彼女は止まらない。 幼馴染の六花、検算者のつむぎ、矛盾を抱えた転入生よはんと共に、まどかは「壊さずに矛盾と生きる方法」を探し始める。 不完全で、矛盾だらけで、それでもここにいる。