現代よりも幾星霜の時が流れた未来。 かつて地球を支配していた人類は、謎のパンデミックによって絶滅した。 その後の世界では、体長わずか十センチほどの小人種族――ナノ族が、旧人類の遺した文明の残骸を利用しながら静かに暮らしていた。 森の奥深く、大樹の中に作られた村で祖父母と妹と一緒に暮らす少年クリフは、ある日、妹のリュナが原因不明の病に侵されていることを知る。 彼女を救う唯一の方法は、旧人類が残した**「古の神殿」**に眠る治療薬だけだった。 危険を顧みず神殿へ潜入したクリフは、治療薬を作るには世界各地に散らばる三つの特別な材料が必要であることを知る。 朽ちた都市、巨大な遺構、そして人類の遺した未知の機械――。 ナノ族の少年は、小さな体で巨大な世界へと踏み出す。 妹の命を救うため、今、クリフの壮大な冒険が始まる。