2016年、人類は突如出現した謎の生命体、「アグレス」によって捕食を目的とした侵略を行われ、人類滅亡は秒読みかと思われた。 しかし、それと同時に共食いを繰り返す異常な生態を確認され、その撒き散らされた残骸を回収し解析。 被害発生からわずか半年。 後に「人類の心臓」と呼ばれるようになる、アグレスの被害から市民を守る、アグレス対策局、同じく同組織、技術研究局により アグレスの細胞特性を利用した生体兵器、「レジスター」のプロトタイプの開発に成功する。 現在の東京は、高い防壁と対策局の監視下に置かれた「生活域」として再編されている。 表向きは日常を取り戻したように見えるが、路地裏にはまだ保護が行き届いていないアグレス被害孤児が溢れ、復興の光が届かない場所では、今もなお傷跡が生々しく疼いている