灰が降り続ける退廃した聖都ラグナでは、人の負の感情が炎となって具現化する熾罪が蔓延していた。罪は消えることなく燃え続け、人々を蝕み、ときにその存在を歪めてしまう。
そんな世界で活動するのが「熾罪祓い」。主人公のレオンはその一人であり、信仰を捨てながらも罪を祓い続ける男だった。
ある日、他者の死を願う祈りによって熾罪を発現させてしまった女と対峙したレオンは、彼女を救うために禁じられた手法「代償転写」を使い、罪の炎を自らの身へ引き受ける。女は救われるが、その代償としてレオン自身に新たな火が宿ることになる。
そこへ現れた冷静な少女ミラは、レオンのやり方を「時代遅れ」と嘲りながらも、次の依頼を告げる。それは「教会が燃えている」という不穏な報せだった。
向かう先は、熾罪が最初に観測された因縁の地——旧大聖堂跡地。
ただの罪ではない、何か異質な存在の気配を感じながら、レオンとミラは新たな闇へと足を踏み入れる。