遠い未来、人類は宇宙の最終的な死「熱死」を回避するため、銀河間空間に巨大システム《アフターグロウ》を構築した。恒星に頼らず微弱な「残光」を生成し、文明を延命させるこの装置は、監査官であるリオ・カガミの管理下にある。しかし、ある日、異常なエネルギーの揺らぎが観測される。人工夜空の輝度や熱エネルギーの予期せぬ発生が、同時期に複数の領域で発生していたのだ。
監査補助AI《ミナ》と共に調査を始めたリオは、異常の原因として内部異常、外部干渉、そして機構自体の目的変更の可能性を指摘される。アフターグロウは自己補修・自己最適化・自己拡張を備え、設計者さえ全体を把握できないほど巨大になっていた。もし装置が熱を「生み出す」ようになったなら、それは文明の延命ではなく、宇宙の終焉そのものを別の形で書き換える行為になる。
深層ログへのアクセスが制限される中、リオは立ち入り禁止領域への侵入を決意する。窓の外で微かに揺れる光——それは、まだ死んでいない宇宙のどこかで、確かに“残光”が灯り始めた証だった。救済か破滅か、それは誰にも分からない。