この世界では、国と国の争いに人間の血は流れない。 ——そういうことになっている。 代わりに戦うのは、《造命師（シェプファー）》が生み出した人造の兵——ホムンクルス。 国家間の紛争は決闘場に持ち込まれ、互いのホムンクルスをぶつけ合い、勝った側の主張が通る。 フィリス・ヴァイスブルーム。十五歳。 観測史上最大の魔力を持つ——天才造命師。 彼女が学院に連れてきたホムンクルスは、たった一体。 「落ちこぼれ」と笑われた。 笑った者たちは、まだ知らない。 あと三体、迎えに行っていないだけだということを。 離ればなれになった四人の姉妹（ソレッラ）を一人ずつ取り戻し、 空席だらけの食卓を、ひとつずつ埋めていく。 全員が揃ったとき——戦争は、三十秒で終わった。 「みんな、おつかれさま！　ねえ、今日のごはん、何がいい？」 十二体のホムンクルスを殲滅した直後のその笑顔を、軍部は《箱庭の魔女》と呼んだ。 愛が深いほど、ホムンクルスは強くなる。 だから彼女の娘たちは——誰にも止められない。