高校一年生の宮部大輔はバスケットボール部に所属するシューティングガード。高い跳躍力を持ちながらも、あと五センチ届かないダンクシュートに憧れていた。\n\nそんな彼を幼い頃から見守ってきた幼馴染である天堂明里は、彼へ恋心を抱いていた。小学生の頃、内気だった自分に優しく声をかけてくれた宮部の存在は、いつしか明里にとってかけがえのないものになっていた。\n\n高校では宮部と同じバスケ部に入る。マネージャーとして彼を支えるために。そして明里は、宮部があと五センチ高く跳べばダンクが可能だと分析する。しかし彼には中学時代の膝の古傷があり、無理をすれば再発する危険もあった。だからあえて言わなかった。その方法を知っているのに。\n\nそして練習試合が控えていた。三年生の先輩方にとっての引退試合の調整のために。だが、スターティングメンバーには宮部は選ばれた。尊敬する田西先輩の代わりに。\n\nやってきた練習試合。宮部のチームは劣勢。そのまま試合時間は残り三秒を迎える。ボールを持っていたのは宮部だった。しかしディフェンダーにピッタリとつかれて得意のスリーポイントは打てず。そしてパスもだせない。\n\nだが、奇跡が起こる。\n明里の大きな心の叫びが。\n\nこれは『5センチ』が二人を繋ぐ、初恋の恋愛物語。