時は西暦2071年、世間は突如として出現した黒い月の謎さえも日常の一部となっていた。 しかし25年前から浮かぶ黒い月の正体は邪悪な宇宙生命体・ダークマターの星間航行船であり、人類は既に侵略を受けていたのである！ 科学オタクの少年・神上神我は兄・神示の導きを受け、究極進化戦士・ライザーに変身し、ダークマターと戦うのだ！