蒸気と歯車が交差する街、鉱山都市ログトレア。この街のあらゆるものはクォータルと呼ばれる特殊な鉱物によって動いている。しかし、その重要な資源も近年減りつつあり、都市の上層部は新たなエネルギー資源を模索していた。そんな中、採掘士であるロクタは鉱山に眠るとされる謎の鉱石を追う少女、ノノと出会う。彼女に誘われるまま、ロクタは様々な原生生物が潜む地下坑道の奥地へと足を踏み入れる。