村の外れに暮らす少年ユウは、山奥で光る石を見つける。触れた瞬間、白い髪の少女――山の神――の声が響き、石が彼女の「心臓」だと告げられる。力を少し失った神を助けたいと思ったユウは、何度も山を訪れ、やがて大人になっても神とのひそやかな交流を続ける。ある日、神は手紙を届けたいと願い、ユウはその願いを手伝うことに。誰にも見えない神との秘密の時間が、少年の心と日常を少しずつ変えていく物語。