恒星暦304年。 宇宙怪獣との戦争から二百年以上。人類は太陽系を越え、銀河へと進出する恒星文明を築いていた。 しかし外宇宙で、星を侵食する未知の存在が発見される。 ヴォイドスウォーム。 それは恒星エネルギーを吸収し、空間そのものを歪めながら増殖する生命体だった。 彼らの侵攻により、銀河の複数の恒星系が消滅する。 人類は対抗するため、重力そのものを兵器化した人型機動兵器 グラビティフレーム（GF） を開発する。 その試作機 GF-01「NOVA」 この機体を起動したのは、宇宙訓練校の少女 アマミヤ・ソラ（17歳） だった。 彼女は重力の流れを直感的に感じる特異な能力を持ち、NOVAの唯一の適合パイロットとなる。 ソラは仲間たちと共に戦場へ送り込まれ、やがて銀河規模の戦争へ巻き込まれていく。 戦いの中で明らかになる真実。 ヴォイドスウォームは侵略者ではなく、 宇宙の寿命を管理する存在。 宇宙が終わるとき、すべてを吸収し、新しい宇宙を誕生させる 宇宙創造生命体だった。 つまり彼らは 宇宙を終わらせる存在。 そして人類もまた、宇宙創生エネルギーを扱う種族へと進化し始めていた。 人類は最後の希望として 宇宙創造炉を搭載した究極兵器 GF-∞「NOVA GOD」 を完成させる。 だがその力は、宇宙を守ることも、破壊することもできる。 宇宙の終焉が迫る中、ソラは決断する。 宇宙を守るため、 自らが宇宙の中心となることを。 戦いの果て、宇宙は消滅を免れる。 しかしソラは人の姿を失い、宇宙全体を支える重力意識体へと変化する。 数十億年後。 新たな文明は宇宙を観測し、気づく。 この宇宙には、すべての星を守る重力がある。 それは一人の少女の意思だった。 彼女の名は―― ソラ。 人類史上初めて トップを越えた存在。