2049年。世界の海から、人間の航海士が消えた。 太平洋を行き交う貨物の八割は、誰も乗っていない自律船が運んでいる。港に人はいる。しかし海の上には、もう誰もいない。 そんな時代に、幽霊船が現れた。 レーダーには映る。衛星もとらえている。しかし肉眼でも、カメラでも、誰も見ることができない船が、世界中の航行ログに記録され始めた。 海洋事故調査機構の調査用AI「NEMO-7」は、その船への乗船を命じられる。対象船舶はSERENITY-9。公式記録では、十八年前に沈んだはずの大型クルーズ船だ。