冬の寒さが消え、桜が自力で咲けなくなった近未来。 農水省・環境省・文化庁は、枯れ木を開花させる国家プロジェクト『花咲かじいさん』を始動させる。 黒田率いる凸凹チームは、移動研究所「薄紅鯨号」で北上するが、その行く先々には、桜と共に生き、桜を失いかけた人々の切実な想いがあった。 科学の力で満開を再現しながら、彼らは失われゆく日本の四季と、人々の心に希望の火を灯していく。