舞台は、現代日本某所の架空の離島 ”神籠島（シンロウトウ）” に位置する詳細不明・難攻不落の監獄、【デウス・ケージ】。 冤罪でデウス・ケージに収監されてしまった主人公・狼谷 愛人（ロウヤ マナト）をまず待ち受けるのは、異能である【魔能力】の発現と、相棒となる看守・鳥居 令（トリイ レイ）との出会いだった。 己が理由で罪を犯した囚人たちに、己が使命を遂行する看守たち。超常的な特殊能力【魔能力】と、その使い手たちの日常、【デウス・ケージ】で、狼谷は本土での普通の日々を取り戻すため、監獄の中で生活を送っていく。