「化学反応には、必ず論理的な理由がある」 物理化学をこよなく愛し、人間関係よりも化学式を信じる女子高生・柚月（ゆづき）。彼女の平穏な放課後は、地域活性化プロジェクトに熱中する天真爛漫なクラスメイト・海空（みく）によって打ち砕かれた。 「助けて柚月ちゃん！ 私の作ったお料理に、変な魔法がかけられちゃったの！」 居酒屋でのアルバイト経験を活かして腕を振るったはずの海空の料理に起きた、不可解な現象。柚月は渋々ながらも、得意の「物理化学」と「論理的思考」を駆使して、日常に潜む小さな謎（ミステリ）を解き明かしていく。まるで触媒が反応を促すように、正反対の二人が交わることで周囲の人間関係も少しずつ変化していく、論理的で心温まる放課後ストーリー。