「――それ、ただのバグ（欠陥）ですよね？」 王都の広場で学者が頭を抱える「古代の聖遺物」。 それを見た少女、ナオは平然と言い放った。 彼女の瞳に映るもの。 それは、あまりにも不完全で、脆弱性に満ちた世界の「ソースコード」だった。 この世界は、何者かによって設計された「バグだらけのシステム」。 古代文字はプログラミング言語であり、魔法の暴走はただのシステムエラーに過ぎない。 ナオは、冒険者の少年、レオが持っていた壊れたガラクタを強力なレーザーカッターへと「書き換え（オーバーライト）」、 彼を「物理担当」の相棒に指名する。 「私が『論理』を組み、あなたが『道』を切り拓く。……悪くないでしょ？」 しかし、勝手な仕様変更（アップデート）を繰り返す彼女を、 世界の管理システムである「運営（集合意識）」は削除対象のバグと認定し――。 重力が狂った遺跡、時間が止まった村、そして空に現れる致命的なエラー。 理詰めのデバッガー少女と野生の勘で動く冒険者。正反対な二人が、不自由で愛おしい世界の運命を書き換えていく、「終わりのないデバッグの旅」が今、幕を開ける！