「エテルナ」と呼ばれる異世界。この世界では、時間は単なる概念ではなく、**「刻糸（こくし）」**と呼ばれる目に見えない光の糸として世界に張り巡らされている。刻糸は生命の誕生から死まで、出来事の前後関係を縫い合わせ、世界の因果を保っている。 この刻糸を管理する存在が、「刻の番人（クロノス・ウォーデン）」と呼ばれる者たちだ。かつては十二人の番人が六つの大陸に二人ずつ配置され、それぞれの地域の時間の流れを守っていた。しかし百年前、「刻喰い（トキクイ）」と呼ばれる異形の存在が現れ、刻糸を食い荒らした。その結果、番人たちは次々と命を落とし、今や刻の番人はたった一人しか残っていない。 時間が乱れた世界では、奇妙な現象が起きる。ある村では百年前の戦争が毎夜繰り返され、住民たちはその恐怖の記憶から逃げられない。ある谷間では時間が止まったまま、花が永遠に散ることなく宙を漂い続ける。ある港町では人々が突然老い、一晩で白髪になって死ぬ。世界は少しずつ、確実に、壊れていく。 刻糸を修復するには「時核（じかく）」と呼ばれる七つの宝珠が必要だとされる。各大陸の最深部に一つずつ眠る時核を集め、世界樹「イグドラス」の根元にある「刻の祭壇」に捧げることで、刻糸は再び世界に張り巡らされるという。 しかし、時核を求める者は主人公たちだけではない。刻喰いを操る「時の簒奪者（ジカン・ユーザーパー）」と呼ばれる謎の組織が、時核を独占し、時間そのものを武器として世界を支配しようとしていた。