小学3年生の「高橋美咲」は、オタク気味な兄「高橋一雄」と一雄の友達であり、近所にある中古ホビー専門店で働く「花房真澄彦」によって、百合漫画というものを教えられる。しかし、抽象的な説明であり、まだ無知な美咲に、彼らの話はよく理解ができなかった。興味本位で親に聞いてみたものの、親からはひどく怒られる始末。美咲は百合とはいけないものなのだろうと感じ、一雄や真澄彦から離れるようにしていた。それから、4ヶ月が経ち、美咲が百合という存在を忘れかけていた頃、街角の本屋で美咲は衝撃的なものを目にする。それは美咲が忘れかけていた百合。そう、百合漫画だった。この本に一目惚れした美咲は、即買いし、その漫画を読むことにする。百合とは、彼女が想像していたものより、日常的で面白いものだった。その時、美咲は決めた。女子校に入って、絶対マドンナになって、最高の「百合学園生活」を送るのだと。美咲はその日から、独自の猛勉強を重ね、中学受験に挑む。志望校は最難関の「私立千代田女学園」美咲は、様々な試練を乗り越え、無事合格する。しかし、クラスのマドンナにはなれた、けれど、他のクラスにまで適用するマドンナじゃないということに美咲は気づく。悩みに悩んでいた美咲の前に現れたのは……