所謂『教育ママ』と呼ばれる子供を一切愛さない毒母の元で育った進学校・私立結城学園（しりつゆうきがくえん）に通う高校2年生の少年・蓮見 蒼馬（はすみ そうま）は、6月6日の夜に勉強ばかりの灰色を紛らわす為と毒母の飲み物に父親が常用している粉状の睡眠薬を盛って、夜の歌舞伎町に遊びに行く。 すると夜の歌舞伎町で、泣きながら地面に座ってリスカしている地雷系ファッションのツインテール美少女に遭遇する。 彼女は蒼馬に逆ナンし、「わたしの名前はみか」と名乗るが、顔をよく見たら彼女は無期懲役になった犯罪者・倉井 刀矢（くらい とうや）の娘の倉井 雨乃（くらい うの）であった。 蒼馬が雨乃について追及すると、雨乃は『今はママの再婚相手とママと小6の異父妹・陽奈（ひな）と4人で暮らしている』『もう倉井じゃなくて今は晴宮（はれみや）』であることを喋り始める。 取り敢えず歌舞伎町にあるそこら辺の安いホテルで雨乃と一夜を過ごした蒼馬は、翌日母親にこっぴどく叱られた後に学園に友達2人と一緒に登校すると、通学路の途中で髪を下ろした同じ学園の1年生の制服を着た雨乃に遭遇する。 夜の歌舞伎町で出会った2人はそこから急接近し始め……、やがて……。 他にも毒母が選んだ友達の1人・白木 暁（しらき あかつき）の妹・白木 茜（しらき あかね）からアプローチを掛けられたり、バイト先の喫茶店（ステラ・アリエス）のバイト先輩かつ学園でも先輩である遊佐グループのお嬢様である生徒会長・遊佐 有栖（ゆさ ありす）に対して『大好き』とポロっと言ったら有栖に気に入られてストーキングされたり、蒼馬の恋愛模様はどうなるのか……。 これは、ダークで仄暗く、僅かにだけ光が差し込んで歓喜するもすぐに絶望に堕とされる現代に咲いた灰色の二輪の花々を眺める物語。