時は近未来ーー西暦2098年 地球は、未知の怪獣と未確認大型宇宙人の脅威に晒されていた。 その最前線で戦う地球防衛隊EDF。 その隊長を父に持つ少年・円谷九太は、仕事で家に帰れない父の代わりに、父方の叔父夫婦と静かな日常を送っていた。 しかしある日、宇宙家族旅行で訪れた月面リゾートで事態は一変する。 突如襲来した宇宙怪獣、そして、それを追うように現れた銀色の巨人。 月面で繰り広げられる壮絶な死闘。その中で取り残された九太は、命を失いかける。 だがその瞬間ーー巨人「アストラネオス」は九太を救うため、自らと同化する道を選んだ。 こうして少年は、地球を守る最後の希望となる。 正体を隠しながら、怪獣と侵略宇宙人に立ち向かう日々。 それは、幼い命に託されたーーあまりにも過酷な戦いの始まりだった。