眠らない町、ニュートーキョー。市民のほぼ全員が、体の一部を機械化したサイボーグであるこの町に、ある日、一人の少女が現れた。 過去の日本からやってきた、と主張する記憶喪失の少女『カラ』。突如町で目覚めたカラは、彼女を逮捕したニュートーキョー管理警察局……通称『NCP』の天才隊員『片葉ユーリ』の提案でNCPに入隊し、時空を越えるゲートを開発していると噂される裏社会の支配者、『黒間テイオウ』を追う。ゲートを使い、元の時代へと帰るために。