幼少期から特別な訓練により戦闘兵器（工作員）として育てられた少年Ａ。訓練生の中でもトップの成績を持つ彼は、１０歳にして、特殊戦闘部隊のα隊に配属し初の任務に出動していた。 　ところが、人殺しを嫌っていたＡはこの任務中に暴走してしまい、組織の判断で追放される。追放とは、記憶を書き換えられ自国（日本）の一般社会で民間人として生きていくこと。それは、戦いの世界から見ればまさしく追放であった。 　それから５年が経つ。平和な日常を送っていた中学二年生の雪島拓也（主人公）は、ある事件をきっかけに少年Ａの噂を知り、会いたいと思うようになる。Ａはいったいどこにいるのか。どうやってＡを探せば良いのか。拓也の取ったＡを見つけるための作戦が、彼を新たな事件に巻き込んでいく。