銀河の彼方にある惑星ziには、「ゾイド」と呼ばれる優れた戦闘能力と戦う意思をもった金属生命体が存在した・・・ゾイドは自ら戦う意思を持ち、帝国と共和国との戦争の中、最強兵器として君臨していた。物語の舞台は、ゾイドと呼ばれる自ら戦う意思を持った金属生命体(戦闘機械獣)の存在する惑星ziで物語はアニメ「ゾイドメカ生体戦記」の終了後の物語で物語の主人公はガイロス帝国の皇帝ルドルフ皇帝の死後ルドルフ皇帝の平和維持の願いを引き継ぎ新しくガイロス帝国の皇帝となった画像の人物の「クラトフ・キーグラハム」愛機は古代遺跡から偶然見つけたティラノサウルス型のゾイド「デスザウラー」彼はデスザウラーを見つけこのゾイドがかつてこの星を壊滅へと追いやった破滅の魔獣だと知り困惑するが、このデスザウラーを平和維持にどうにかして利用できないかと考え苦悩の決断の末デスザウラーを復活させ愛機とする。一方その頃ガイロス帝国の皇帝がデスザウラーを復活させたという不穏な噂を聞きつけたヘリック共和国の大統領ルイーズはデスザウラーを止めるため戦争を仕掛けようとするが、突如空間の裂け目が出現しガイロス帝国の皇帝と軍は空間の裂け目に呑まれるのだった・・・ガイロス帝国の皇帝とデスザウラー、ガイロス帝国軍が空間の裂け目に呑まれたどり着いたのは西暦2026年の地球だった・・・