大正～昭和前期の日本に酷似した雰囲気を持つ《皇国》。そこは超常能力の影響が強い国だった。世界には《怪異》と呼ばれる、超常能力を有した魔物がしばし出現し、古くから人々は《異能者》などと呼ばれる超能力者の力で、それに対抗していた。 　特に、深海からこの世界の海を浸食し、汚染された黒い海を地上に伸ばしていく神秘現象・《フルデプス・インサイド》は破滅的な破壊をもたらし、世界中の国々を脅かしていた。 　皇国は《陰陽術》に長けた神社と連携、《特務学校》を成立し《異能者》を育成してそれに対抗する。主人公の少年・御門 鎮と、彼の《陰陽術》の師匠であり同級生の少女、迦葉 結は《特務学校》の生徒として、《陰陽術》の修練をする日々を送っていた。 　そんな中、鎮の夢に、機械じかけの《騎士》が現れた。 　《騎士》は自分と鎮とは魂の結びつきがあると言い、危機の際に自分の名を呼べと言い残すが……。