考古学研究者で発掘調査員の水(みず)城(き)蒼穹(そら)は、三内丸山遺跡で“未知の物質”を発見したことをきっかけに、縄文中期へと転移する。そこで出会った美しい巫女アシリとともに、六本柱建物に秘められた「時空の窓」の存在を知る。しかし、未来の技術が暴走して生まれた“時間寄生体”が時空の裂け目から侵入し、縄文集落と現代の両方を脅かし始める。蒼穹はアシリと協力し、縄文人が自然と共鳴して築いた時空制御技術の秘密を解き明かしながら、未来の暴走を止める方法を探る。物語は、• 縄文文明の高度さ • 未来文明の危うさ • 人類が時間とどう向き合うか をテーマに展開する。最終的に、蒼穹は未来の技術と縄文の叡智を融合させ、時空の崩壊を防ぐが、アシリとの別れを選ばざるを得ない。現代に戻った蒼穹は、遺跡に残された“痕跡”から、アシリの存在が確かに歴史に刻まれていることを知る。