12月10日、天庭玲桜（あまば れお）という少女が何者かに拉致され、そのまま行方不明となる。事態を重く見た捜査本部は、特殊部隊「Special Operation Shadow（S.O.S）」を立ち上げ、エースである神城怜（かみしろ れい）を中心としたチームが捜査に乗り出す。限られた手がかりの中で、彼らは犯人の正体と事件の真相に迫っていく。