架空の国・架空の時代 大陸の東域にある隣り合う3か国は、千年の長きに渡って良好な関係を築いてきた。しかしその中の一国にある日暗雲が立ち込めると、まるでドミノ倒しのように他の２か国にもそれが飛び火した。 9歳ながら既に千年に一人の天才と崇められていた西乃国劉王朝の皇太子劉煌。そんな彼が暗雲に巻き込まれ、国を追われ命からがら逃げ落ちてきたその先は、なんと男子禁制の尼寺だった。 そこで、”平民の女の子”として暮らしながら、劉煌は、皇帝であった父の敵討ちと皇位奪還を心に誓い、それを達成するために忍者組織”骸組”の門を叩く。しかし昨今の忍者人気から男子枠はいっぱいで、女子枠、すなわちくノ一なら空きがあると告げられた劉煌は、背に腹は代えられずここでも女子を装い、くノ一修行をすることに、、、