世界魔法執行機関日本支部東京分署に所属する宮成怜。世界魔法執行機関の副執行機関長を父に持つ、自分の才能をうまくいかせない少年。 そんな少年はある日、廃病院での異音を調べろという任務が与えられる。廃病院で見つけた地下室の先にいたのは、この世界において悪と称される魔女だった。 魔女と結んでしまった契約魔法により魔女と行動を共にすることに。 魔女や魔法を使うもの者達を絶対的悪とするこの世界で、少年は魔女とどのように行動をしていくのか。