間宮伊織は、軍からの要請でイデア特区へ来ていた。イデア機関の不穏な動きについて、幼馴染のノアから情報を聞き出すのが任務である。しかし待ち合わせ場所にノアが来ず、イデア機関の兵士のミハイルや、魔法使いのクロエに捕まりそうに。幼馴染であり守護巫女のひよりの助けで逃げることに成功し、協力関係を結ぶ。そしてノアからイヴというレガシーを託され、再び襲い掛かってきたミハイルを撃退する。 　次の行動を考えていると、ノアの師匠であるクリストハルトが現れる。彼の興味を満たすことで、イデア機関の内情をアークのことを知る。研究区で黒幕について聞く前に、ミハイルたちが襲撃。黒い亡霊たちも襲ってきて、その混乱の中逃げる。途中聖騎士のフィオナとブレンのアラタとぶつかり、ひよりと星渦の力を使えるようになった伊織で倒す。最後ノアと会えるが、彼女は記憶喪失になっていた。 　次の日、ノアを逃がして捕まったレイラをクロエと協力して助けることに。ミハイルを退け、レガシーの檻からレイラと協力して脱出して、そのまま黒幕の正体を代表のグランへ報告しに。しかし黒幕のトラヴィスが来て、アークの力の前に捕まりそうになるもなんとか逃げ切る。そしてアーク内部へ行く準備をしながら、レイラと一緒にフィオナとアラタと決闘して勝って戦争を止める。 　アーク内部で向かい、トラヴィスたちと相対。しかしイヴが黒い亡霊に連れていかれてしまい、伊織は助けに。イヴの過去を見ながら、阻止してくる黒いイヴと戦う。精神のノアの力を借りて無事イヴを助け出し、そのまま戦線に復帰。無事敵の野望を止める。しかし本当の黒幕はノアであり、アークを使い世界に秩序を敷こうと。イヴがアークの核に戻ることで、事態が収束する。伊織は永遠にアークの中で役目を果たそうとするイヴを連れ戻し、仲間たちと共に不安定になったアークを守護することを決める。そして星渦騎士団の戦いが始まった。