終末の世界から隔離された六つの街、アナザーヘブン。そこには六人の魔女が君臨していた。 その中の一人、赤の魔女には寵愛する少年がいた。少年の名はユーリ。魔法工学技師である彼は、アナザーヘブンに囚われた女神を解放するため、神のレプリカを作ろうとしていた。 ある日、ユーリはアーズル・ガーデンという街に赴くことになり、そこで戴冠式を間近に控えた白の魔女のユイカと出会う。 出会って早々城を抜け出した二人は、街中で天罰という魔物と遭遇する。魔女と契約して未来視の力を授っていたユーリは、その力と自作の魔法具を用いて天罰の討伐に貢献する。これがきっかけでユイカに仮初の婚約者にされてしまう。 翌日、ユイカが戴冠に必要な儀式を執り行うということで、ユーリはそれに付き添うことになる。 儀式は無事終わるが、その直後、ユーリは転移の宝玉という魔法具によって拐われてしまう。 転移先には殺人鬼ジェイが待っていた。彼に深手を負わされたユーリは、相棒である人工知能のリリの力を借りて、転移の宝玉の座標を書き換えることで、何とかユイカの下へ戻ることに成功する。 その後の調査で、古の王ギルガの復活を目論む者たちの仕業だと判明する。 戴冠式前夜。ユイカは敵の手に落ち、ギルガに身体を乗っ取られてしまう。 ユーリはユイカの騎士であるリュートと共に彼女の救出を試みる。 事前に立てた策が功を奏し、ユーリは一時的にギルガの動きを止めることに成功する。その間にリリと共にユイカに施された術式の解除を試みるも、あと少しのところで失敗に終わる。 絶対絶命の中、神のレプリカとなった未来のリリが現れる。六人の魔女の力を統べた彼女こそユーリが契約した魔女だった。 未来のリリはユイカの存在が自身に深く関与していることを示唆し、彼女を救うべく、ユーリの中に眠る究極の対抗魔法を発動させる。彼はその力を用いてユイカを取り戻すことに成功する。 数日後。戴冠式を終えたユイカは、ユーリと再会する。自分の気持ちと向き合った彼女は、彼を婚約者に任命する。 数年後、二人の愛娘がリリの導き手となり、物語は幕を閉じる。 この作品は「蒼穹の魔女は天才魔法工学技師《マギアクラフター》を振り向かせたい！」のタイトルで小説家になろうに投稿していたものを手直ししたものです。