中学三年生のアラタの住む島は四年前から宇宙人に占領され、島ごと覆うドーム状の膜が展開、外界と断絶された。島は宇宙人によって占領されたが、平和そのもので退屈な日々に辟易していた。アラタの世界は四年前からこの箱庭だけ。そんな時に宇宙人のアイニィと出会い、彼女から不思議な力、第六感を覚醒させて貰う。その後、彼女の仲間と合流し、宇宙の厄介事を何とかする組織、メルドルスクの補填メンバーとなり、初めての任務に挑む。そこで自分にしか出来ないことを見つけ、退屈な島での日常を非日常で面白いものにしていく。ある日、ワンダーエッグと呼ばれるタイムマシーンがこの島に降ってくる。それは誰が作ったのか、どうやって作ったのか、何もかもが謎に包まれている次元超越遺物に分類される物だった。アラタ達は争奪戦に巻き込まれていく。そのワンダーエッグを研究したいヘデラ博士率いるチームとアラタが属するワンダーエッグを独占したい組織が火花を散らす。束の間ワンダーエッグを保持出来たアラタは偽物か本物かの確認の為にワンダーエッグに乗ると、タイムマシーンというのは歪曲されたネーミングであり、実態は時間伸縮機だった。ワンダーエッグの中での五時間は外での一秒であり、設定を変えると中での一秒は外での五時間、というように体感時間を延ばしたり縮めたりが可能な機械だった。タイムマシーンではなかったが危険な技術であり、宇宙を揺るがす発見だった。追手が迫る中、アラタは時間伸縮機に乗り込み、争奪戦で勝つ為、延ばされた時間の中で相手組織のヘデラ博士の第六感の正体と突破口を推理する。今まで目にした行動や、微かな違和感からアラタはヘデラ博士に一矢報いる作戦を思い付く。時間伸縮機から出た後、アラタはヘデラ博士と直接対決する。そして全ての情報を使って首の皮一枚の所で辛くも勝利する。宇宙の危機に知恵と心を使って勝負する少年の物語。