「俺、転職失敗で悪の組織に入っちゃった！？」 公安直属、『魔法少女暗殺部』に所属する賠償片理は、博多での出張任務(野良の魔法少女暗殺)を遂行した直属、上司から鳥取県での夜勤を命じられてしまう。彼は泣く泣く直帰の新幹線の予約をキャンセルし、鳥取へ直行する。 鳥取において片理と協働するのは、魔法少女双子、通称トリバゴ姉妹。ツンツン姉の斉藤部帳歌(トリ姉)は『乗り物限定のテレポート』、おっとり妹の斉藤部明日歌(トリ妹)は『乗り物限定の未来予知』という魔法をそれぞれ操り、かつて公安に鹵獲され、現在は国益のために馬車馬の如く働かされている。片理はそんな彼女たちを監視しつつ、『乗り物の重大事故の防止』という任務に不眠で当たることになる。 トリ姉と2人でタンカーでの魔法少女テロを食い止めたり、トリ妹を誘拐しようと攻撃してきた敵魔法少女を鳥取市内で爆死させたりと、片理は任務をこなしていくものの、他職員のコロナ感染なども重なり延々と帰宅できず、徹夜は三日、四日と伸びていく。その疲労の影響で、せっかく鹵獲した希少な魔法を持つ魔法少女をうっかり拷問死させてしまい、辞職を考えるほどにショックを受ける。だがトリ妹の『片理さんは片理さんの出来ることを大事にしたら？』という励ましで立ち直り、前述の一連の事件を引き起こした『お面の一味』を自力で壊滅させるために動き出す。 その後、種ケ島のロケット打ち上げセンターにて、『お面の一味』のリーダーである魔法少女姉弟と片理たちは対決する。姉は『触れたものを1キロ上空に転移させられる(トリ姉と千日手)』、弟は『他人の視線が見える(トリ妹のメタ)』という魔法の持ち主であり、相性の問題から苦戦を強いられるものの、どうにか勝利を収める。そして事件解決後、暗殺部の暑気払いにて、片理はトリバゴ姉妹たちとバーベキューを楽しみつつ、「来期は魔法少女100人殺します！」と宣言するのだった。