核戦争から400年後、旧日本列島中部地方に位置する唯一国家『セントフィールド』は、旧文明の人体保存施設から目覚める『覚醒者』のテロリズム、『覚醒災害』を国難に抱える新文明唯一の国家組織である。そして同時に、『原種感染者』と呼ばれる存在が蔓延り、『白夜症』という人を異形に変える病が人知れず蔓延していた。 一年前に人体保存から目覚めたミツキは、彼の『専属管理官』レオナ・モリカワと学友であるカーミラ・スコロビッチと共に、ゴルゴダ市にて平穏な学院生活を送っていた。 ある夜、カーミラの屋敷からの帰り道、ミツキとレオナは異形のバケモノに襲われる。致命傷を受けたミツキを救ったのは、『原種感染者』を狩る『診猟組合』の『治猟者』アイラ・レッドフィールドという少女だった。ミツキは彼女から自身が白夜症の適合者であることを知らされ、ゴルゴダ市で発生しているパンデミックの収束に協力することを決意する。 パンデミックの元凶がミツキの在籍するゴルゴン学院の理事長、スコロビッチ公である事を知った彼らは、事態収拾の為に彼の住むスコロビッチ邸別館を襲撃する。しかしそこには友人であるカーミラと、ミツキに固執する謎の少女シオンが元凶として存在していた。 シオンと相対するミツキは、彼女が白夜症の感染源である『原種感染者』であることを知る。そして、彼女たち『原種感染者』はかつて旧文明にて、ミツキの友人であったことを知らされた。 目覚めてから友人に固執していた理由をシオンから夢を通じて教えられたミツキは、それでも尚、新文明で出来た新しい友人たちの為に彼女と相対する。 レオナの協力によってシオンを手に掛けずに済んだミツキは、カーミラの後を追って彼の屋敷に辿り着く。そこでミツキは、カーミラと自身が友人であることを確かめ合いながら、ただ二人の友人同士として最後の戦いの火ぶたを切ったのだった。