伊上シゲルは記憶喪失と自分自身の存在への強い違和感という、誰にも理解されない悩みを抱えてい手孤独だった。だけど妹との和解をきっかけにそれらは少しずつ改善され、今ではすっかり立ち直れた。 　妹は失踪し、そして妹の捜索中に、ロイス・グリームという男に付け狙われ、そこを風花ミサキに救われる。風花ミサキの説明を元に、シゲルは特異存在という異能力者を、そして味方と敵の組織の存在を知っていく。 　後日、シゲルは味方の支部へとミサキにつれてもらう。そこで自分の父、マサルが支部長を務めていたことを知る。シゲルはマサルに対し今までの隠し事や、妹のユリカの失踪に対し態度が淡々としている事に腹を立て、対立してしまう。 　その翌日、学校に現れたロイスと交戦した時、シゲルは自身の存在の謎、そしてシゲルの父親の正体について揺さぶりをかけられ、精神的に追い詰められていく。 　その状況を重く見られ、シゲルは安全のためユニオンの支部に幽閉される。そこでミサキにマサルとの仲など抱えていた悩みを吐き出す。支部にまで襲撃してきたロイスを一時的に退ける傍ら、シゲルはマサルからかつて自分が強力な特異存在であったこと、そして自分の本音を打ち明けられて、和解する。だけどマサルはシゲルたちを逃がすために囮を買って出て、そのまま死んでしまう。 　シゲルとミサキは当てのない逃避行を始める。その最中、さりげない会話を通じて、シゲルはミサキのことをより深く知り、そしてより強く惹かれていく。 　最後の日、ミサキはシゲルを安全な所に逃がし、一人最後の決戦に向かう。かつて自分が記憶喪失前のシゲルに命を救われた幼馴染である事、その想いを一人胸に抱いて。 　ミサキは激闘むなしくロイスに敗れ去る。しかしミサキを失いたくないシゲルが覚醒、ロイスに対しギリギリの勝利を得る。 　そして戦いの後、シゲルは大切なものを失わないために強くなりたい事をミサキに打ち明け、物語は終わる。