失踪した友人、辻原千鳥を探すため、冬崎荒也は千鳥の妹である千咲と共に、瀬戸内海沿岸の港町へと訪れた。そこで彼等は、千鳥が霧笠島という名の無人島に強い興味を示していたことを知る。 　友人を探すべく、霧笠島へと渡った彼等だったが、そこで待ち受けていたのは、動く腐乱死体の群れであった。荒也と離れた千咲は島内にある奇妙な村で、記憶の一部を失った状態で目を覚ました。村人達に不信感を覚えた彼女は、その夜村からの脱出を図った。そして、奇しくも村内に囚われていた兄と再会することとなった。そして彼女はこの村に蔓延る恐ろしい真実を知ることとなった。 　一方その頃、相変わらず島内の山で亡者共から逃げていた荒也は、埒が明かないと判断し、攻勢へと転じる。 　千咲と千鳥は全ての元凶である神、霧笠明神を討つため、山中へと足を踏み入れる。対して、荒也は亡者達を狩る内に村を発見し、夜襲を掛ける。荒也の夜襲により、村の追手が手薄になり、千咲は遂に霧笠明神も元へとたどり着く。そして、彼女は兄から託された島の秘宝にして、神をも殺す呪われし毒を用いて、霧笠明神に止めを刺した。