二〇二〇年七月二十四日、東京二十三区のみに発生した観測史上最大の大地震によって崩壊した。それと同時にオルタネータ―と呼ばれる正体不明の敵性存在が出現し、人々は東京を追われることとなった。時同じくして、オーグメンテッドとエフェクターと呼ばれる異能を持つ者も現れ、彼らがオルタネーター討伐に政府によって徴用されることとなる。オーグメンテッドはエフェクターと意識を共鳴(レゾナンス)しなければ異能を発揮することができず、またエフェクターは十歳前後の少女に限られていた。新たにエフェクターとして徴用された少女、國中史歌は政府の人間の司千歳に連れられて早弓フェリクスとペアを組むこととなる。仲間と喜屋武厚治、東雲朝希、科戸菖蒲、園部梨乃と共に幾度かの任務を経て、史歌は〈Ｅ計画〉という計画の全貌を知る。〈Ｅ計画〉は東京二十区を海に沈めてオルタネーターを殲滅するという計画だった。その第一段階として、ビッグサイトのある有明エリアの爆破による海没計画を明かされる。その作戦を極右ポピュリスト代議士の三浦竣平が現場を視察という形で出しゃばってくる。だが、突如出現した擬態型オルタネータ―に殺害され、その姿を擬態される。三浦に擬態したオルタネーターは現場の自衛官と科戸菖蒲も含めたオーグメンテッド、エフェクターを殺害していく。 フェリクスはヒュブリス・レゾナンスに覚醒し、三浦を倒す。その後、有明の爆破が行われビッグサイトを含めた有明の街は海に沈む。その光景を見て、フェリクスと史歌は「東京を殺す」という意思を新たに決意した。