遠未来、かつて日本と呼ばれた地。その辺境に生きる男コウガは、暴走獣に襲われている少女ミヤコと出会う。 協力し敵を撃退したあと、二人の共同生活が始まった。獣を狩りつつ、畑を耕し、家畜の世話をする数日間。穏やかながら充実した日常。 　あるときミヤコの教育係マナが来訪する。コウガは事情を聞くと、ミヤコを両親の元まで送ることにした。辿り着いたのは巨大な城。そこは生成存在と呼ばれる者が治める場所。世界調律機により作り出された存在と、人間が接触を避けつつ城内で暮らしている。 コウガは城でミヤコの父を説得するために力を貸すのだった。