かつて西暦時代、ノアの大洪水に匹敵する災厄が世界を襲い、陸地は咢に食い千切られたように崩壊した。残されたのは、無数の小島だけ。わずかに生き残った者たちの中には、地底で密かに暮らしていた異形の亜人族もいた。 この大洪水は後に「天泣」と呼ばれ、天泣以前の歴史は四千年の時を経て忘れ去られる。文明が海に滅した時代は海滅時代、洪水が退き神の契約が果たされた後は神約時代と名付けられた。 やがて陸地は少しずつ姿を取り戻し、クリスタッルムを核とした文明が各国の興亡を支え、海賊や山賊が弱き民を脅かす世界が広がっていく。 アトラス海に浮かぶ小国パークスには、絶滅したはずの“忍者”が生き残っていた。国主の長子ユキアは新国策に反発し、掟を破って国を抜け、海賊となる道を選ぶ。 レオン王国のリスボアから神聖ロムルス皇国レムスへ向かう船に乗ったユキアは、海賊の襲撃と祖国からの刺客に命を狙われるが、死地を突破する。その中で、聖遺物・魔遺物・幻玉といった不思議な力を持つ宝を追うトレジャーハンターの麗女キラと出会う。 そしてユキアは、魔遺物《ネフシュタンの魔片》を海賊から奪取する冒険を依頼されるのだった──。