ある日、セントラルパークの一角に突如として巨大なツリーハウスが姿を現した。サイクロップス、ジーン、サンファイア、ローグ、ローラ、シンク、ポラリスの７名からなるＸ‐ＭＥＮは、この新たな拠点で外敵と戦いながら人類への奉仕活動に邁進するが、その一方でミュータントを敵視する新たな脅威が動き出していた。さらに、クラコアが抱える重大な秘密に一人の記者が迫ろうとしており…？はたしてＸ‐ＭＥＮは人類にとっての希望なのか、それとも災厄なのか―ミュータントたちの次なる戦いが、ここから始まる！