焼輝が学園生活を過ごしていたある日。 　特殊部隊に襲撃され恐慌に陥るが、担任教師の枇々木の口から、催眠による偽りの日常であることを知る。彼から最期に特殊な力を秘めた大剣ニーズヘッグを託される。意識を奪われ特殊部隊とともに、友人まで惨殺することに。 　特殊部隊員であるアズリエットが和解を持ち掛け、焼輝たちが実験対象であると現実を告げられる。異能生命体の力を得るための存在で、それを扱える覚醒者であると。 　ここ軌道エレベーター“ユグドラシル”の第八層から脱出すべく、アズリエットに付き従うも、発着場は爆炎を上げる。 　焼輝のいるＡ棟ではない、Ｂ棟の覚醒者たちの仕業。Ｂ棟の研究主任である姫崎は焼輝たちが外に往くのを許さなかった。 　Ｂ棟の覚醒者フェリスも、異様な長剣ヨルムンガンドの使い手で、傷つく仲間を見て暴走する焼輝を止める。 　“仮初めの学園生活じゃなくて、本物を見てみたい”という焼輝の言葉に、フェリスは妹がかつて焦がれていた“本物の空”を意識し始める。 　後に二人は第九層で地獄を目にする。保存された多数の遺体。そこには親しい友人の姿もあった。 　死後の自由さえ許されないことを痛感し、外へ往くことを焼輝は彼女と誓い合う。 　Ａ棟に戻った焼輝。アズリエットが追い詰めた部隊の上官が、人質である焼輝の親友を殺害。悲嘆に暮れる焼輝に、脱出ポッドを探し出すと約束してアズリエットは去る。 　Ｂ棟では姫崎が磔にされ死んでおり、リーダー格の少年ハオは、報復対象を決めつけ、仲間を引き連れてＡ棟を襲撃する。 　混沌とする中、神出鬼没の幼い少年少女ラトとタスクが、巨鳥フレーズヴェルグを焼輝たちにけしかける。苦戦するも、未来視の力を持つ親友の死に際の言葉を焼輝は思い出し、光明を得る。 　鈴の音が原因だと思い至り、鳴り続けていたラトとタスクの鈴の髪飾りを破壊し、フレーズヴェルグを討伐する。 　生存者を乗せた脱出ポッドは宇宙から地球に下り、窓から焼輝とフェリスは青い空の彼方を眺め続けた。