地方都市の河川敷に“建っていた”はずの「願いの塔」が、現実世界からもデジタル上からも完全に消えていることに気づいたウェブマーケター・佐倉啓介。卒業アルバムにだけ塔の姿が残っていた。調査を進めるうちに、都市OS「エコー」を運用するディープ・ゲート社が、景観効率化とデータパージを名目に塔を撤去し、その痕跡を物理・デジタル双方から消し去っていた事実が浮かび上がる。かつて市役所で塔の担当を務めていた田中和子も、自らの記憶が揺らぎつつ、押し入れに眠っていた塔の模型と古いネガフィルムを見つけ出す。それはAIが触れない最後の物理的証拠だった。啓介は真実を守ろうとするが、エコーの担当者に追及され、証拠を差し出す代わりに“記憶の内側”へ真実を隠す道を選ぶ。最適化された世界の中で、塔の残像は彼の意識の奥底にのみ立ち続ける。