古い図書館で働く司書・遥斗の前に、ある夕暮れ、一人の奇妙な子供が現れる。 その子は「辞書を探している」と言うのに、文字を見ると「黒い虫みたいで怖い」と震えてしまう。 それでも彼が文字を覚えたい理由はただ一つ。 亡くなった人間の親友・ショウの母へ、どうしても伝えたい言葉があるからだった。 遥斗は決める。 普通の辞書ではなく、二人だけの「辞書」を作ろうと。