幼い頃、旅の神父に読み書きを教わり、その優しさに憧れた少年フェリス。 やがて神学者見習いとなった彼は、戦場で教会と司法の無力、そして人が人を救えない現実を知る。 人は迷う。怯える。見捨てる。 ならば、迷わず人を導く“神の代理人”を作ればいい。 神学と錬金術の果てに、フェリスは機械仕掛けの神父を生み出す。 だがそれは起動した直後、異端として教会に接収され、海底へと廃棄されてしまった。 それから十数年。 贖罪の巡礼を経て宣教師となったフェリスは、日本の寒村で、ありえない光景を目にする。 そこにいたのは、かつて自らが作り、海へ沈められたはずの“メカ神父”だった。