現代の日本。中央管轄の平穏な村に住む兄妹、零（れい）と彩（いろは）。 民間人ながら、彩は万物に愛される「純白の神格」を宿していた。 ある夜、突如として封印を解かれた古の怪異「土蜘蛛」が村を襲う。 圧倒的な力の前に、零は彩を守れず、彼女は土蜘蛛にその神格を喰らわれ絶望の中で息絶える。 そこへ一歩遅れて到着したのが、闇の世界を支配する五大深淵の一つ、黒の家系「闇咲（やみざき）」。。 「神を殺したければ、影に堕ちろ」――零は自らの肉体を捨て、家系に伝わる禁忌の「転生術」を発動。 闇咲の用意した「器」へと魂を移し、復讐の旅路が始まる。