世界には、生者が生きる現世と、死者が送られる幽世が存在している。 死者たちは再び生き返るため、動物や物に取り憑き、実体を得ようとした。 そこから生まれた存在――それが妖怪だった。 妖怪たちは人々を脅かし、平安の世を混乱に陥れる。 そこで立ち上がったのが、大陰陽師 安倍晴明。 晴明は生者の世界『現世』 死者の世界『幽世』 妖怪の世界『妖都』 三つの世界の境界を作り、帝の命によりその管理を行った。 それから千年。 神社の息子、春日零。 女の子と見間違えられるほどの中性的な顔立ちを持つ、高校生。 ある日、零は両親に『社会勉強』と言われ、不思議な巨大な岩の前へと連れて行かれる。 その岩に触れた瞬間、零は見知らぬ街へと飛ばされてしまう。 そこは、人間の世界ではない場所――妖怪たちの都『妖都』だった。 さらに、狐の面をつけた謎の男から告げられる。 『あなたは、僕が買いましたから』 両親に売られた（らしい）零は、その男が管理する妖怪の学校へ通うことになる。 人間なのに妖怪学校へ入学！？ 個性豊かな妖怪たちとの出会い。 そして、千年前から続く因縁――。 妖怪だらけの学園生活が今、始まる。 ――ようこそ、妖都へ。