人類が滅亡してからどれほど経ったのか。 人類が破壊した自然がことごとく再生し見たこともないくらい大きく成長し、破壊された生態系も奇跡の再生を遂げた。 そんな素晴らしいがことごとく起きたが、それと同時に世界は同じことを繰り返すだけになってしまった。 ある生物が減り、生態系が崩れかけ、そしてまた再生する。 そんな面白みもない世界にある変化が起きた。 人類の悪あがきとして保存されていた一人の少年が突然目を覚ました。保存装置はもうとっくに木々に破壊されたのに、死んでいてもおかしくなかったのに、復活したのだ。 しかし、一部の記憶が失われていた。すべて失っていないだけマシではあるが… そんな彼が終焉を迎えた世界で出会った少女と何をするのか、何を残すのか。